Podobnie jak w przypadku aptek stacjonarnych, pracownik apteki online powinien być ekspertem w dziedzinie opieki farmaceutycznej, farmakoterapii oraz pomocy zdrowotnej. Dobra apteka online (tutaj) powinna zapewniać profesjonalną komunikację z pacjentami oraz innymi dostawcami opieki zdrowotnej. Musi także dostarczać wyłącznie wysokiej jakości produkty i usługi.
Obowiązki farmaceutów w aptece online obejmują przede wszystkim sprawdzanie i wydawanie leków na receptę, udzielanie porad dotyczących wyboru leków i ich stosowania, udzielanie informacji na temat pacjentów lekarzom i innym pracownikom służby zdrowia oraz doradzanie pacjentom w celach poprawy zdrowia, profilaktyki i właściwego stosowania leków. W większości krajów przepisy regulują zasady działania aptek internetowych, ze szczególnymi wymaganiami dotyczącymi warunków przechowywania, wyposażenia i prowadzenia dokumentacji.
Coraz częściej zdarza się, że apteka online podejmuje się zapewnienia swoim klientom oraz pacjentom lepszą pomoc diagnostyczną, bezpośrednio w ramach usługi podstawowej, co do niedawna było domeną wyłącznie stacjonarnych aptek lokalnych. Obecnie bardzo wiele aptek online pozwala swoim klientom na zadawanie szczegółowych pytań dotyczących stosowania i przyjmowania określonych lekarstw. Dzięki temu za pośrednictwem apteki online możliwe jest uzyskanie profesjonalnej porady farmaceutycznej na temat konkretnych dolegliwości i preparatów.